En 2045, Motoko Kusanagi et la Section 9 affrontent une nouvelle menace redoutable dans cette version long-métrage de la première saison de "SAC_2045".
Un bandit et héros populaire connu pour ses évasions spectaculaires songe à repartir à zéro avec sa nouvelle petite amie. Inspiré de la vie de Zdzisław Najmrodzki.
Deux ans ont passé depuis la défaite de Sephiroth. Cloud est rappelé en mission après l'attaque commise par trois frères mystérieux.
Ce film d'action et d'aventure suit les exploits de 47 guerriers samouraïs prêts à aller jusqu'au bout pour se venger de l'homme qui a causé la mort de leur maître.
Parvenu à devenir invisible, un scientifique brillant mais arrogant exploite ce pouvoir sans limites de bien sinistre manière.