Les agents Spriggan de l'ARCAM doivent s'assurer que d'anciennes reliques aux dangereux pouvoirs ne tombent pas entre de mauvaises mains.
Contre toute attente, une reine vampire et une jeune humaine s'unissent pour retrouver un paradis perdu où humains et vampires vivent en parfaite harmonie.
En 2045, Motoko Kusanagi et la Section 9 affrontent une nouvelle menace redoutable dans cette version long-métrage de la première saison de "SAC_2045".
Deux ans ont passé depuis la défaite de Sephiroth. Cloud est rappelé en mission après l'attaque commise par trois frères mystérieux.
Dans un Tokyo abandonné, infesté de bulles et d'anomalies gravitationnelles, le destin rapproche un jeune homme brillant et une jeune fille mystérieuse.